Ponpes Berdaya adalah program pemberdayaan pesantren yang diinisiasi oleh GIS Peduli untuk meningkatkan kemandirian ekonomi dan kapasitas pesantren dengan melakukan monitoring dan evaluasi secara berkala. Program ini bertujuan untuk mengoptimalkan peran pesantren tidak hanya sebagai pusat pendidikan agama, tetapi juga sebagai pusat pemberdayaan ekonomi dan sosial bagi santri, pengelola pesantren, dan masyarakat sekitar.

Ponpes Berdaya mencakup pengembangan usaha produktif di beberapa aspek, diantaranya peternakan (hibah kambing dan domba), budidaya perikanan, budidaya unggas, pertanian, pelatihan skill, serta optimalisasi aset yang dimiliki pesantren. Dengan adanya program ini, diharapkan pesantren mampu menciptakan ekosistem yang berkelanjutan, memberikan manfaat lebih luas bagi santri, serta berkontribusi pada kesejahteraan umat.